Die Hippotherapie wird bei verschiedenen Erkrankungen, Behinderungen und Störungen eingesetzt. Sie beeinflusst Schädigungen des Zentralnervensystems ebenso positiv wie Störungen von Koordination und Gleichgewicht sowie Schädigungen des Stütz- und Bewegungsapparates.
Auch Störungen nach Schädel-Hirn-Traumen und nach Schlaganfällen lassen sich mit der Hippotherapie ebenso erfolgreich behandeln wie Querschnittsyndrome, frühkindliche Hirnschädigungen (ICP), entwicklungsbedingte, posttraumatische, postentzündliche, degenerative Nervenerkrankungen und ADS.